Если верить легенде, основателем города был Одиссей. Финикийцы, поселившиеся в устье реки Тежу примерно в VIII веке до н. э., называли его Alis Ubbo («прелестная бухта»), а греки и карфагеняне – Olissipo. Во II веке до н. э. город перешёл во владение римлян. Юлий Цезарь назвал римскую колонию Felicitas Julia, а при вестготах, правивших здесь с 416 года н. э., город назывался Olissabona. В 714 году мавры изгнали вестготов, территория Лиссабона расширилась, город занял крепостную гору и получил арабское название Al-Usbuna.

В 1147 году, после того как город был отвоёван первым королём Португалии Афонсу Энрикешем, он получил своё нынешнее название Лисбоа (Lisboa). Новые католические правители переселили мавров в район Моурария (Mouraria), не входивший в то время в черту города, а мавританские мечети были снесены.

Хорошо защищённая гавань в устье Тежу ещё 3000 лет назад считалась важнейшим торговым перекрёстком на западном побережье Пиренейского полуострова. Немудрено, что возникший тут город превратился в столицу Португалии, после того как в 1256 году стал местом пребывания королевского двора.

Корабли с богатым грузом возвращаются домой в Лиссабон (гравюра на меди, 1547 г.).

В XIII веке король Диниш велел осушить бухту Тежу, простиравшуюся в то время до нынешней площади Россиу, и закончить строительство собора. А в 1290 году он основал первый университет, который, правда, уже через несколько лет был перенесён в Коимбру из-за трений, возникших между простыми горожанами и привилегированными студентами.

В 1344 году Лиссабон впервые пережил сильное землетрясение. После восстановления этот цветущий торговый город стал быстро расти, и вскоре старые городские стены оказались ему тесны. Во второй половине XIV века Фернанду I велел возвести «Фернандинскую городскую стену» с 77 башнями и 34 воротами. Она охватывала территорию между крепостью и собором общей площадью примерно 1 км2.